Articles

PacBio (Sequel II / Sequel / RS II)

Posted by admin

secvențiatorul de a treia generație cu secvențiere cu citire lungă cu o singură moleculă

Pacific Biosciences este compania cu cea mai reușită comercializare a secvențierii în timp real cu o singură moleculă. Folosește polimeraza nu pentru amplificarea clusterelor, ci pentru detectarea fluorescenței la un nivel cu o singură moleculă care este luată ca video și apoi transformată în secvențe. Are cea mai lungă lungime de citire (în medie 20kb) dintre toate secvențele de pe piață în acest moment, ceea ce oferă un avantaj de neegalat față de secvențele de a doua generație cu lungimi de citire mai scurte.ADN Link este una dintre primele companii comerciale din lume care a adoptat Secvențiatoare PacBio și are o vastă experiență de-a lungul mai multor ani.

sistem de continuare: high-throughput, acces rentabil la secvențierea SMRT

noul sistem Sequel II se bazează pe tehnologia noastră dovedită cu o singură moleculă, în timp real (SMRT) și oferă aproximativ 8X mai multe citiri cu 8 milioane de ghiduri de undă în modul zero (ZMWs) pe celulă SMRT. Sistemul Sequel este ideal pentru proiecte precum generarea rapidă și rentabilă a ansamblurilor genomului de novo de înaltă calitate și analiza microbiomului de lungă durată.

ambele Sequel II & Sequel I sunt disponibile la link-ul ADN

RSII : Primul secvențiator cu citire lungă

PacBio RS II a condus la cercetări inovatoare, pe măsură ce comunitatea științifică a urmărit analiza genomului de calitate superioară și a studiat spectrul complet al variației genetice. Cu această tehnologie stabilită, există peste 2000 de publicații științifice într-o varietate de domenii de cercetare, cum ar fi cercetarea biomedicală umană, genomica plantelor și animalelor și microbiologia.

PacBio RS II este ideal pentru secvențierea genomului întreg al genomilor mici, secvențierea țintită, analiza complexă a populației, secvențierea ARN a transcrierilor țintite și epigenetica microbiană.

PacBio RS II oferă optică de înaltă performanță, manipulare automată a lichidelor, celule și reactivi SMRT proprietare și software intuitiv de control al instrumentelor.

PacBio RS II conține trei puncte principale de acces pentru utilizatori:

  • RS Touch — instrument software cu o interfață touchscreen (pentru inițierea și monitorizarea ruleaza)
  • reactiv și proba sertar (pentru placa și proba de încărcare)
  • SMRT celulă și vârful sertar (pentru consumabile de încărcare)

Aplicații

PacBio o singură moleculă, în timp real (SMRT) Sequencing tehnologie produce în mod constant unele dintre cele mai lungi lungimi medii de citire disponibile în industrie. Cu citiri lungi, precizia consensului ridicat (>99.999%, Q50), acoperire uniformă și detectare epigenetică simultană – secvențierea SMRT oferă informații valoroase care anterior nu au fost disponibile comunității științifice.

secvențierea întregului genom pentru asamblarea de NOVO

secvențierea întregului genom pentru asamblarea de novo folosind secvențierea SMRT este acum standardul de aur pentru generarea de genomi de referință contigue, extrem de precise pentru toate speciile. Cu megabase-size contig n50s, precizii consens >99%, și instrumente pentru faza
haplotipuri, ansambluri PacBio captura SNP nedetectate, gene complet intacte, și regiunile de reglementare încorporate în structuri complexe care proiect fragmentat genomi adesea dor.

secvențierea genomului întreg pentru apelarea variantei structurale

secvențierea SMRT permite descoperirea variantei structurale folosind secvențierea genomului întreg cu acoperire redusă, citită lung, care a arătat că orice genom uman diploid individual conține peste ~20.000 de variante structurale unice (definite ca >50 BP în lungime) și alte ~ 400.000 de variante indel (cu o lungime cuprinsă între 1 bp și 49 bp). Peste 80% din aceste variante nu sunt detectate în prezent folosind metode standard de secvențiere cu citire scurtă.

secvențierea ARN

metoda secvenței izoforme PacBio (Iso-seq XV) permite secvențierea izoformelor de transcriere în întregime, fără asamblare necesară prin valorificarea citirilor lungi pentru a furniza o singură secvență foarte precisă pentru fiecare izoformă de transcriere, de la capătul 5′ până la coada poli-A.

secvențiere țintită

PacBio aplicație secvențiere țintită suportă atât secvențierea amplicon, precum și de captare pe bază de sondă folosind ADN-ul oligo
hibridizare. Citirile lungi și părtinirea contextului secvenței scăzute vă permit să caracterizați regiunile vizate de interes, indiferent de complexitatea lor genetică – inclusiv variațiile structurale, SNP-urile rare, indels, variația numărului de copii, microsateliții și regiunile conservate extinse.

populații complexe

bacteriile, virușii și celulele canceroase se găsesc adesea în populații complexe care conțin multe genomi unici și în evoluție. Aceste variante permit o evoluție rapidă ca răspuns la condițiile de mediu, presiunile imune sau tratamentele medicamentoase. Distingerea variantelor coexistente poate necesita o asamblare complexă, ceea ce face ca identificarea persoanelor strâns legate într-un amestec să fie extrem de dificilă. Secvențierea SMRT oferă citirile lungi, rezoluția cu o singură moleculă și acoperirea uniformă necesară pentru caracterizarea cuprinzătoare a probelor eterogene și identificarea variației complexe.

epigenetica

secvențierea SMRT detectează direct modificările ADN-ului prin măsurarea variației în cinetica polimerazei încorporării bazei ADN
în timpul secvențierii. Cu randament ridicat, citește lung, și sensibilitatea de a detecta modificarea epigenetice fără amplificare sau
conversii chimice sunteți în măsură să evalueze modificările ADN-ului în genomi bacteriene și eucariote.

vrei să afli mai multe? Vă rugăm să nu ezitați să ne contactați și vom fi bucuroși să vă ajutăm cu o strategie personalizată pentru proiectul dvs. [email protected]

Related Post

Leave A Comment