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PacBio (sequencia II / sequela / RS II)

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o sequenciador de terceira geração com sequenciação de leitura única de leitura longa

As Biociências do Pacífico é a empresa com a comercialização mais bem sucedida da sequenciação de molécula única em tempo real. Utiliza polimerase não para amplificação de aglomerados, mas para a detecção de fluorescência a um nível de molécula única que é tomada como vídeo e, em seguida, convertida em sequências. Tem o comprimento de leitura mais longo (média de 20kb) entre todos os sequenciadores no mercado no momento, o que dá uma vantagem incomparável sobre os sequenciadores de segunda geração com comprimentos de leitura mais curtos.

DNA Link é uma das primeiras empresas comerciais do mundo que adotaram sequenciadores PacBio e tem ampla experiência ao longo de vários anos.sistema Sequencial:= = o novo sistema sequenciador sequencial é baseado em nossa molécula única comprovada, tecnologia em tempo Real (SMRT) e fornece cerca de 8X mais leituras com 8 milhões de waveguides de modo zero (ZMWs) por célula SMRT. O sistema sequela é ideal para projetos como a geração rápida e econômica de conjuntos de genoma de novo de alta qualidade e análise microbiológica de longa duração.

ambos sequência II sequência I estão disponíveis no DNA Link

RSII : O primeiro sequenciador de leitura longa

O PacBio RS II levou a uma investigação inovadora à medida que a comunidade científica prosseguia a análise do genoma de maior qualidade e estudava o espectro completo da variação genética. Com esta tecnologia estabelecida, há mais de 2000 publicações científicas em uma variedade de áreas de pesquisa, tais como pesquisa biomédica humana, genômica vegetal e animal, e Microbiologia.

O PacBio RS II é ideal para sequenciação de genomas inteiros de pequenos genomas, sequenciamento direcionado, análise complexa da população, sequenciação de RNA de transcrições direcionadas e epigenética microbiana.

O PacBio RS II apresenta ótica de alto desempenho, manipulação automática de líquidos, células e reagentes proprietários de SMRT, e software intuitivo de controle de instrumentos.o PacBio RS II contém três pontos de acesso primários ao utilizador.:

  • RS Toque — instrumento de software com uma interface sensível ao toque (para o início e o monitoramento é executado)
  • Reagente e amostra gaveta (para a placa e o carregamento de amostras)
  • SMRT Célula e a ponta da gaveta (para consumíveis de carga)

Aplicações

PacBio® Única Molécula, em Tempo Real (SMRT) Tecnologia de sequenciamento consistentemente produz alguns dos mais longos de leitura média de comprimentos disponíveis na indústria. Com leituras longas, a alta precisão consensual (>99.999%, Q50), cobertura uniforme e detecção epigenética simultânea – a sequenciação SMRT fornece informações valiosas que anteriormente estavam indisponíveis para a comunidade científica.

sequenciação do genoma inteiro para a montagem de NOVO

sequenciação do genoma inteiro para a montagem de novo usando sequenciação de novo é agora o padrão-ouro para gerar genomas de referência contíguos e altamente precisos em todas as espécies. Com megabase de tamanho contig N50s, o consenso precisões >99%, e ferramentas para a integração progressiva
haplótipos, PacBio conjuntos de captura não detectado SNPs, totalmente intacto genes, regulamentares e de regiões incorporado em estruturas complexas que fragmentada projecto de genomas, que são frequentemente ignoradas.a sequenciação do genoma completo para a variante estrutural chamada sequenciação da variante SMRT permite a descoberta da variante estrutural usando a sequenciação do genoma inteiro de baixa cobertura, de longa leitura, que mostrou que qualquer genoma humano diplóide individual contém mais de ~20.000 variantes estruturais únicas (definidas como >50 bp de comprimento), e outras ~400.000 variantes indel (variando de 1 bp a 49 bp). Mais de 80% dessas variantes não são atualmente detectadas usando métodos padrão de sequenciação de Leitura curta.

sequência de ARN

o método da sequência isoforma do PacBio (Iso-Seq®) permite a sequenciação das isoformas de transcrição na sua totalidade, sem qualquer conjunto necessário para alavancar as leituras longas para fornecer uma sequência única e altamente precisa para cada isoforma de transcrição, desde a extremidade 5′ até à cauda poly-A.

sequenciação orientada

Aplicação sequenciada de PacBio suporta tanto a sequenciação de amplicões como a captura baseada em sonda usando o DNA oligo
hibridização. O longa lê e baixa sequência contexto de polarização permite caracterizar regiões alvo de interesse, independentemente
de sua complexidade genética, incluindo variações estruturais, raras SNPs, indels, variação de número de cópia, microssatélites e estendido
regiões conservadas.populações complexas

bactérias, vírus e células cancerígenas são frequentemente encontradas em populações complexas que contêm muitos genomas únicos e em evolução. Estas variantes permitem uma rápida evolução em resposta a condições ambientais, pressões imunitárias ou tratamentos medicamentosos. Distinguir variantes co-existentes pode exigir montagem complexa, tornando a identificação de indivíduos intimamente relacionados dentro de uma mistura extremamente desafiadora. A sequenciação SMRT fornece as leituras longas, a resolução de moléculas únicas e a cobertura uniforme necessária para a caracterização abrangente de amostras heterogêneas e a identificação de variações complexas.

epigenética

sequenciação SMRT detecta directamente modificações do ADN através da medição da variação da cinética da polimerase da incorporação da base de ADN durante a sequenciação. Com alto rendimento, leituras longas, e a sensibilidade para detectar modificação epigenética sem amplificação ou conversões químicas, você é capaz de avaliar modificações de DNA em genomas bacterianos e eucarióticos.queres saber mais? Por favor, sinta-se livre para entrar em contato conosco e teremos o maior prazer em ajudá-lo com uma estratégia personalizada para o seu projeto. [email protected]

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