Articles

PacBio (Sequel II / Sequel / RS II)

Posted by admin

sekwencer trzeciej generacji z jednocząsteczkowym sekwencjonowaniem o długim odczycie

Pacific Biosciences jest firmą z najbardziej udaną komercjalizacją jednocząsteczkowego sekwencjonowania w czasie rzeczywistym. Wykorzystuje polimerazę nie do amplifikacji klastrów, ale do wykrywania fluorescencji na poziomie pojedynczej cząsteczki, która jest pobierana jako wideo, a następnie przekształcana w sekwencje. Ma najdłuższą długość odczytu (średnio 20KB) spośród wszystkich obecnie dostępnych na rynku sekwencerów, co daje niezrównaną przewagę nad sekwencerami drugiej generacji o krótszych długościach odczytu.

DNA Link jest jedną z pierwszych firm komercyjnych na świecie, która przyjęła sekwencery PacBio i posiada wieloletnie doświadczenie.

Sequel System: wysokowydajny, ekonomiczny dostęp do sekwencjonowania SMRT

nowy system Sequel II jest oparty na naszej sprawdzonej technologii Single Molecule w czasie rzeczywistym (SMRT) i zapewnia około 8X więcej odczytów dzięki 8 milionom falowodów trybu zerowego (ZMWs) na komórkę SMRT. System Sequel jest idealny do projektów takich jak szybkie i ekonomiczne generowanie wysokiej jakości całych zespołów genomu de novo i pełnowymiarowej analizy mikrobiomu.

oba sequele II& Sequel i są dostępne pod linkiem DNA

RSII : Pierwszy długo czytany sekwencer

PacBio RS II doprowadził do przełomowych badań, ponieważ społeczność naukowa dążyła do wyższej jakości analizy genomu i badała pełne spektrum zmienności genetycznej. Dzięki tej ugruntowanej technologii istnieje ponad 2000 publikacji naukowych z różnych dziedzin badawczych, takich jak badania biomedyczne człowieka, genomika roślin i zwierząt oraz Mikrobiologia.

PacBio RS II jest idealny do sekwencjonowania całego genomu małych genomów, ukierunkowanego sekwencjonowania, złożonej analizy populacyjnej, sekwencjonowania RNA ukierunkowanych transkryptów i epigenetyki mikrobiologicznej.

PacBio RS II wyposażony jest w wysokowydajną optykę, zautomatyzowaną obsługę cieczy, własne ogniwa i odczynniki SMRT oraz intuicyjne oprogramowanie do sterowania przyrządami.

PacBio RS II zawiera trzy podstawowe punkty dostępu dla użytkowników:

  • oprogramowanie RS Touch — instrument z interfejsem dotykowym (do inicjowania i monitorowania przebiegów)
  • Szuflada na odczynniki i próbki (do ładowania płyt i próbek)
  • Szuflada na komórki i końcówki SMRT (do ładowania materiałów eksploatacyjnych)

Aplikacje

Technologia sekwencjonowania PacBio® Single Molecule, real-Time (SMRT) konsekwentnie produkuje jedne z najdłuższych średnich długości odczytu dostępnych w branży. Przy długich odczytach, wysoka dokładność konsensusu (>99.999%, Q50), równomierne pokrycie i jednoczesne wykrywanie epigenetyczne – sekwencjonowanie SMRT dostarcza cennych spostrzeżeń, które wcześniej były niedostępne dla środowiska naukowego.

sekwencjonowanie całego genomu do montażu DE NOVO

sekwencjonowanie całego genomu do montażu de novo przy użyciu sekwencjonowania SMRT jest obecnie złotym standardem generowania przyległych, wysoce
dokładnych genomów referencyjnych we wszystkich gatunkach. Dzięki megabase-size contig n50s, dokładności konsensusu>99% i narzędziom do fazowania
haplotypów, zespoły PacBio wychwytują niewykryte SNP, w pełni nienaruszone geny i regiony regulacyjne osadzone w złożonych strukturach, których często brakuje pofragmentowanym genomom projektowym.

sekwencjonowanie całego genomu w celu wywołania wariantu strukturalnego

sekwencjonowanie SMRT umożliwia odkrycie wariantu strukturalnego przy użyciu sekwencjonowania całego genomu o niskim pokryciu i długim odczycie, które wykazało, że każdy indywidualny diploidalny ludzki genom zawiera ponad ~ 20 000 unikalnych wariantów strukturalnych (zdefiniowanych jako >50 bp długości) i inne ~400 000 wariantów indel (w zakresie długości od 1 bp do 49 BP). Ponad 80% tych wariantów nie jest obecnie wykrywanych przy użyciu standardowych metod sekwencjonowania z krótkim odczytem.

sekwencjonowanie RNA

metoda PacBio Isoform Sequence (Iso-Seq®) umożliwia sekwencjonowanie izoform transkrypcji w całości, bez konieczności montażu poprzez wykorzystanie długich odczytów w celu dostarczenia pojedynczej, bardzo dokładnej sekwencji dla każdej izoformy transkrypcji, od końca 5′ do ogona Poli-A.

celowane sekwencjonowanie

PacBio celowane sekwencjonowanie aplikacja obsługuje zarówno sekwencjonowanie amplikonu, jak i przechwytywanie oparte na sondzie za pomocą hybrydyzacji DNA oligo
. Długie odczyty i niskie odchylenie kontekstu sekwencji pozwalają scharakteryzować docelowe regiony zainteresowania niezależnie od ich złożoności genetycznej-w tym zmiany strukturalne, rzadkie SNP, indele, zmienność liczby kopii, mikrosatelity i rozszerzone
regiony konserwowane.

złożone populacje

bakterie, wirusy i komórki nowotworowe często znajdują się w złożonych populacjach, które zawierają wiele unikalnych i ewoluujących genomów. Te
warianty pozwalają na szybką ewolucję w odpowiedzi na warunki środowiskowe, ciśnienie odpornościowe lub leczenie farmakologiczne. Rozróżnienie
współistniejących wariantów może wymagać skomplikowanego montażu, co sprawia, że identyfikacja blisko spokrewnionych osobników w obrębie mieszanki jest niezwykle trudna. Sekwencjonowanie SMRT zapewnia długie odczyty, rozdzielczość pojedynczej cząsteczki i jednolite pokrycie potrzebne do kompleksowej charakterystyki heterogenicznych próbek i identyfikacji złożonej zmienności.

epigenetyka

sekwencjonowanie SMRT bezpośrednio wykrywa modyfikacje DNA mierząc zmienność w kinetyce polimerazy wbudowania Zasady DNA
podczas sekwencjonowania. Dzięki wysokiej przepustowości, długim odczytom i czułości wykrywania modyfikacji epigenetycznych bez amplifikacji lub
konwersji chemicznej jesteś w stanie ocenić modyfikacje DNA w genomach bakteryjnych i eukariotycznych.

chcesz wiedzieć więcej? Prosimy o kontakt z nami, a my z przyjemnością pomożemy Ci w dostosowaniu strategii dla Twojego projektu. [email protected]

Related Post