Articles

PacBio (Sequel II / Sequel / RS II)

Posted by admin

den tredje generationens sequencer med single-molecule long read sequencing

Pacific Biosciences är företaget med den mest framgångsrika kommersialiseringen av single-molecule real-time sequencing. Den använder polymeras inte för förstärkning av kluster, men för detektering av fluorescens vid en enda molekylnivå som tas som video och sedan omvandlas till sekvenser. Den har den längsta läslängden (i genomsnitt 20kb) bland alla sequencers på marknaden för tillfället, vilket ger en oöverträffad fördel jämfört med andra generationens sequencers med kortare läslängder.

DNA Link är ett av de första kommersiella företagen i världen som antog PacBio sequencers och har lång erfarenhet under flera år.

uppföljningssystem: hög genomströmning, kostnadseffektiv tillgång till SMRT-sekvensering

det nya Sequel II-systemet är baserat på vår beprövade Single Molecule, Real-Time (SMRT) – teknik och levererar cirka 8X fler läsningar med 8 miljoner zero-mode waveguides (ZMW) per SMRT-Cell. Uppföljningssystemet är idealiskt för projekt som snabbt och kostnadseffektivt genererar högkvalitativa hela genomet de novo-enheter och mikrobiomanalys i full längd.

båda uppföljaren II & uppföljaren i finns på DNA Link

RSII : Den allra första långlästa sequencer

PacBio RS II ledde till banbrytande forskning när det vetenskapliga samfundet bedrev genomanalys av högre kvalitet och studerade hela spektrumet av genetisk variation. Med denna etablerade teknik finns det över 2000 vetenskapliga publikationer inom en mängd olika forskningsområden, såsom mänsklig biomedicinsk forskning, växt-och djurgenomik och mikrobiologi.

PacBio RS II är idealisk för sekvensering av hela genomet av små genom, riktad sekvensering, komplex populationsanalys, RNA-sekvensering av riktade transkript och mikrobiell epigenetik.

PacBio RS II har högpresterande optik, automatiserad vätskehantering, egna SMRT-celler och reagenser och intuitiv instrumentkontrollprogramvara.

PacBio RS II innehåller tre primära användaråtkomstpunkter:

  • RS Touch — instrument programvara med en pekskärm gränssnitt (för initiering och övervakning körningar)
  • reagens och provlåda (för platta och prov lastning)
  • SMRT Cell och spets låda (för förbrukningsvaror lastning)

applikationer

PacBio Securities Single Molecule, Real-Time (SMRT) sekvenseringsteknik producerar konsekvent några av de längsta genomsnittliga läslängder som finns i branschen. Med långa läsningar, den höga konsensusnoggrannheten (>99.999%, Q50), enhetlig täckning och samtidig epigenetisk detektion – SMRT-sekvensering ger värdefulla insikter som tidigare inte har varit tillgängliga för det vetenskapliga samfundet.

hela genomsekvensering för de NOVO-montering

hela genomsekvensering för de novo-montering med SMRT-sekvensering är nu guldstandarden för att generera sammanhängande, mycket
exakta referensgenom över alla arter. Med megabase-storlek contig N50s, konsensusnoggrannheter >99% och verktyg för fasning
haplotyper, pacbio-enheter fångar oupptäckta SNP: er, helt intakta gener och regleringsregioner inbäddade i komplexa strukturer som fragmenterade utkast till genom ofta saknar.

hela genomsekvensering för strukturell VARIANT som kallar

SMRT-sekvensering möjliggör strukturell variantupptäckt med låg täckning, långläst helgenomsekvensering som har visat att varje enskilt diploid humant genom innehåller uppåt ~20 000 unika strukturella varianter (definierad som >50 bp i längd) och ytterligare ~400 000 indel-varianter (sträcker sig i längd från 1 bp till 49 bp). Över 80% av dessa varianter detekteras för närvarande inte med hjälp av vanliga kortlästa sekvenseringsmetoder.

RNA-sekvensering

PacBio Isoform Sequence (Iso-seq ACC) – metoden tillåter sekvensering av transkriptisoformer i sin helhet, utan montering krävs genom att utnyttja de långa avläsningarna för att leverera en enda, mycket exakt sekvens för varje transkriptisoform, från 5′-änden till poly-a-svansen.

riktad sekvensering

PacBio riktad sekvenseringsapplikation stöder både amplikonsekvensering såväl som sondbaserad infångning med DNA oligo
hybridisering. De långa läsningar och låg sekvens sammanhang bias kan du karakterisera riktade regioner av intresse oavsett
av deras genetiska komplexitet — inklusive strukturella variationer, sällsynta SNP, indels, kopia nummer variation, mikrosatelliter och utökade
konserverade regioner.

komplexa populationer

bakterier, virus och cancerceller finns ofta i komplexa populationer som innehåller många unika och utvecklande genom. Dessa
varianter möjliggör snabb utveckling som svar på miljöförhållanden, immuntryck eller läkemedelsbehandlingar. Distinguishing
samexisterande varianter kan kräva komplex montering, vilket gör identifieringen av närbesläktade individer inom en blandning extremt utmanande. SMRT-sekvensering ger långa läsningar, enkelmolekylupplösning och enhetlig täckning som behövs för
omfattande karakterisering av heterogena prover och identifiering av komplex variation.

epigenetik

SMRT-sekvensering detekterar direkt DNA-modifieringar genom att mäta variation i polymerasskinetiken för DNA-basinkorporering
under sekvensering. Med hög genomströmning, långa läsningar och känsligheten för att upptäcka epigenetisk modifiering utan förstärkning eller kemiska omvandlingar kan du bedöma DNA-modifieringar i bakteriella och eukaryota genom.

vill du veta mer? Kontakta oss gärna så hjälper vi dig gärna med en anpassad strategi för ditt projekt. [email protected]

Related Post

Leave A Comment