Articles

Pabbio (Sequel II / Sequel / RS II)

Posted by admin

de derde generatie sequencer met single-molecule long read sequencing

Pacific Biosciences is het bedrijf met de meest succesvolle commercialisering van de single-molecule real-time sequencing. Het gebruikt polymerase niet voor versterking van clusters, maar voor de opsporing van fluorescentie op een enig-molecuulniveau dat als video wordt genomen en dan in opeenvolgingen wordt omgezet. Het heeft de langste leeslengte (gemiddeld 20kb) van alle sequencers op de markt op dit moment, wat een ongeëvenaard voordeel geeft ten opzichte van de tweede generatie sequencers met kortere leeslengtes.

DNA Link is een van de eerste commerciële bedrijven ter wereld die Pabbio-sequencers adopteerde en over een aantal jaren uitgebreide ervaring heeft.

Sequel systeem: high-throughput, cost-effective access to SMRT Sequencing

Het Nieuwe Sequel II systeem is gebaseerd op onze bewezen single Molecule, Real-Time (SMRT) technologie en levert ongeveer 8X meer reads met 8 miljoen zero-mode golfgeleiders (zmws) per SMRT-cel. Het Vervolgsysteem is ideaal voor projecten zoals snel en kosteneffectief het produceren van de gehele assemblages van het genoomde novo en microbiome analyse van de volledige lengte.

beide Sequel II & Sequel I zijn beschikbaar op DNA Link

RSII : De allereerste lange-read sequencer

De PacBio RS II leidde tot baanbrekend onderzoek toen de wetenschappelijke gemeenschap een hogere kwaliteit genoomanalyse volgde en het volledige spectrum van genetische variatie bestudeerde. Met deze gevestigde technologie, zijn er meer dan 2000 wetenschappelijke publicaties op een verscheidenheid van onderzoeksgebieden, zoals menselijk biomedisch onderzoek, plantaardige en dierlijke genomica, en microbiologie.

De PacBio RS II is ideaal voor de sequencing van het gehele genoom van kleine genomen, gerichte sequencing, complexe populatieanalyse, RNA-sequencing van gerichte transcripten en microbiële epigenetica.

De PacBio RS II beschikt over krachtige optica, geautomatiseerde vloeistofverwerking, eigen SMRT-cellen en reagentia en intuïtieve instrumentbesturingssoftware.

De PacBio RS II bevat drie primaire toegangspunten voor gebruikers:

  • RS Touch — instrument-software met een touchscreen-interface (voor het initiëren van en het toezicht wordt uitgevoerd)
  • Reagens-en sample-lade (voor plaat en sample laden)
  • SMRT Cel en tip lade (voor verbruiksartikelen laden)

Toepassingen

PacBio® Enkel Molecuul, Real-Time (SMRT) Sequencing-technologie consequent produceert een aantal van de langste gemiddelde lees-lengtes beschikbaar in de industrie. Met lange reads, de hoge consensus nauwkeurigheid (> 99.999%, Q50), uniforme dekking en gelijktijdige epigenetische detectie – SMRT-Sequencing levert waardevolle inzichten op die eerder niet beschikbaar waren voor de wetenschappelijke gemeenschap.

WHOLE GENOME SEQUENCING voor de NOVO assemblage

Whole genome sequencing voor de novo assemblage met behulp van SMRT-Sequencing is nu de gouden standaard voor het genereren van aaneengesloten, zeer nauwkeurige referentie genomen voor alle soorten. Met contig N50s, consensusnauwkeurigheden >99%, en tools voor phasing
haplotypes, vangen Pabbio-assemblages ongedetecteerde SNP ‘ s, volledig intacte genen en regulerende gebieden ingebed in complexe structuren die gefragmenteerde ontwerpgenomen vaak missen.

WHOLE GENOME SEQUENCING FOR STRUCTURAL VARIANT CALLING

SMRT Sequencing maakt structurele variant ontdekking met behulp van low-coverage, long-read whole genome sequencing die heeft aangetoond dat elk individueel diploïde menselijk genoom bevat meer dan ~20.000 unieke structurele varianten (gedefinieerd als >50 bp in lengte), en nog eens ~400.000 Indel varianten (variërend in lengte van 1 bp tot 49 bp). Meer dan 80% van deze varianten worden momenteel niet ontdekt gebruikend standaard short-read het rangschikken methodes.

RNA-SEQUENCING

De PacBio – Isovormsequentie (Iso-Seq®) methode maakt sequencing van transcript-isovormen in hun geheel mogelijk, zonder assemblage door gebruik te maken van de lange reads om een enkele, zeer nauwkeurige sequentie voor elke transcript-isovorm te leveren, van het 5′ – uiteinde tot de poly-a-staart.

gerichte SEQUENCING

PacBio gerichte sequencing applicatie ondersteunt zowel ampliconsequencing als probe-based capture met behulp van DNA oligo
hybridisatie. De lange reads en de lage sequentie context bias kunt u doelgerichte regio ’s van belang karakteriseren ongeacht
van hun genetische complexiteit — met inbegrip van structurele variaties, zeldzame SNPs, indels, kopie nummer variatie, microsatellieten en uitgebreide
geconserveerde regio’ s.

complexe populaties

bacteriën, virussen en kankercellen komen vaak voor in complexe populaties die veel unieke en evoluerende genomen bevatten. Deze
varianten maken een snelle evolutie mogelijk in reactie op omgevingsomstandigheden, immuundruk of geneesmiddelenbehandelingen. Het onderscheiden van
co-bestaande varianten kan complexe assemblage vereisen, waardoor de identificatie van nauw verwante individuen binnen een mengsel zeer uitdagend is. Het rangschikken van SMRT verstrekt de lange leest, enig-molecuulresolutie, en eenvormige dekking nodig voor de uitgebreide karakterisering
van heterogene steekproeven en de identificatie van complexe variatie.

epigenetica

SMRT-Sequencing detecteert direct DNA-modificaties door variatie in de polymerasekinetiek van de incorporatie van de DNA-base tijdens de sequencing te meten. Met hoge doorvoer, lange reads en de gevoeligheid om epigenetische modificatie te detecteren zonder amplificatie of chemische Conversies kunt u DNA-modificaties in bacteriële en eukaryotische genomen beoordelen.

meer weten? Neem gerust contact met ons op en wij helpen u graag met een op maat gemaakte strategie voor uw project. [email protected]

Related Post

Leave A Comment