Articles

PacBio (Sequel II / Sequel / RS II)

Posted by admin

Den Tredje generasjons sequencer med single-molekyl lang lese sekvensering

Pacific Biosciences er selskapet med den mest vellykkede kommersialisering av single-molekyl sanntids sekvensering. Den bruker polymerase ikke for forsterkning av klynger, men for påvisning av fluorescens på et enkeltmolekylnivå som tas som video og deretter konverteres til sekvenser. Den har den lengste leselengden (gjennomsnittlig 20kb) blant alle sequencere på markedet for øyeblikket, noe som gir en enestående fordel over andre generasjons sequencere med kortere leselengder.DNA Link ER et AV de første kommersielle selskapene i verden som adopterte PacBio sequencere og har lang erfaring over flere år.

Oppfølgersystem: høy gjennomstrømning, kostnadseffektiv tilgang TIL SMRT Sekvensering

det nye Oppfølgeren II-Systemet er basert på vår velprøvde Single Molecule, Real-Time (SMRT) – teknologi og leverer CA 8X flere leser med 8 millioner nullmodusbølgeledere (ZMWs) per SMRT-Celle. Oppfølgeren Systemet er ideelt for prosjekter som raskt og kostnadseffektivt generere høy kvalitet hele genome de novo samlinger og full lengde mikrobiom analyse.

Både Oppfølger II& Oppfølger jeg er tilgjengelig PÅ DNA Link

RSII : Den aller første langleste sequenceren

PacBio RS II førte til banebrytende forskning da det vitenskapelige samfunnet forfulgte genomanalyse av høyere kvalitet og studerte fullstørrelsesspekteret av genetisk variasjon. Med denne etablerte teknologien er det over 2000 vitenskapelige publikasjoner innen en rekke forskningsområder, som menneskelig biomedisinsk forskning, plante-og dyregenomikk og mikrobiologi.PacBio RS II er ideell for helgenomsekvensering av små genomer, målrettet sekvensering, kompleks populasjonsanalyse, RNA-sekvensering av målrettede transkripsjoner og mikrobiell epigenetikk.PacBio RS II har optikk med høy ytelse, automatisert væskehåndtering, proprietære SMRT-Celler Og reagenser og intuitiv instrumentkontrollprogramvare.

PacBio RS II inneholder tre primære tilgangspunkter for brukeren:

  • RS Touch — instrument programvare med berøringsskjerm grensesnitt (for initiering og overvåking kjører)
  • Reagens og prøve skuff (for plate og prøve lasting)
  • SMRT Celle og tips skuff (for forbruksvarer lasting)

Programmer

PacBio® Enkelt Molekyl, Real-Time (SMRT) Sekvensering teknologi konsekvent produserer noen av de lengste gjennomsnittlige leselengder tilgjengelig i bransjen. Med lange leser, høy konsensus nøyaktighet (> 99.999%, Q50), enhetlig dekning og samtidig epigenetisk deteksjon-SMRT-Sekvensering gir verdifull innsikt som tidligere har vært utilgjengelig for det vitenskapelige samfunn.

HELE GENOMSEKVENSERING for DE NOVO MONTERING

Hele genomsekvensering for de novo montering ved HJELP AV SMRT-Sekvensering er nå gullstandarden for å generere sammenhengende, svært
nøyaktige referansegenomer på tvers av alle arter. Med megabase-størrelse contig N50s, konsensusnøyaktighet > 99%, og verktøy for fasing
haplotyper, PacBio samlinger fange uoppdaget SNPs, fullt intakte gener, og regulatoriske regioner innebygd i komplekse strukturer som fragmenterte utkast genomer ofte savner.

HELGENOMSEKVENSERING for STRUKTURELL VARIANT KALL

SMRT-Sekvensering muliggjør strukturell variant oppdagelse ved hjelp av lav dekning, langlest helgenomsekvensering som har vist at ethvert individuelt diploid humant genom inneholder oppover ~20.000 unike strukturelle varianter (definert som >50 bp i lengde), og en annen ~400.000 indel varianter (varierer i lengde fra 1 bp til 49 bp). Over 80% av disse variantene er for tiden ikke oppdaget ved hjelp av standard kortlesede sekvenseringsmetoder.

RNA-SEKVENSERING

PacBio Isoform-Sekvensen (Iso-Seq®) metoden tillater sekvensering av transkript-isoformer i sin helhet, uten montering som kreves ved å utnytte den lange lesingen for å levere en enkelt, svært nøyaktig sekvens for hver transkript-isoform, fra 5 ‘ – enden til poly – a-halen.

MÅLRETTET SEKVENSERING

PacBio målrettet sekvensering programmet støtter både amplicon sekvensering samt probe-basert fangst VED HJELP AV DNA oligo
hybridisering. Den lange leser og lav sekvens kontekst bias lar deg karakterisere målrettede regioner av interesse uavhengig
av deres genetiske kompleksitet — inkludert strukturelle variasjoner, sjeldne SNPs, indels, kopi nummer variasjon, mikrosatellitter og utvidet
konserverte regioner.

KOMPLEKSE POPULASJONER

Bakterier, virus og kreftceller finnes ofte i komplekse populasjoner som inneholder mange unike og utviklende genomer. Disse variantene tillater rask utvikling som respons på miljøforhold, immuntrykk eller narkotikabehandlinger. Distinguishing
co-eksisterende varianter kan kreve komplisert montering, noe som gjør identifisering av nært beslektede individer i en blanding ekstremt utfordrende. SMRT-Sekvensering gir den lange leser, enkeltmolekyloppløsning og ensartet dekning som trengs for den omfattende karakterisering av heterogene prøver og identifisering av kompleks variasjon.

EPIGENETIKK

SMRT-Sekvensering oppdager DIREKTE dna-modifikasjoner ved å måle variasjon i polymerasekinetikken til DNA-baseinkorporering
under sekvensering. Med høy gjennomstrømning, lang lesing og følsomheten for å oppdage epigenetisk modifikasjon uten forsterkning eller kjemiske konverteringer kan DU vurdere DNA-modifikasjoner i bakterielle og eukaryotiske genomer.

vil du vite mer? Ta gjerne kontakt med oss og vi vil gjerne hjelpe deg med en tilpasset strategi for prosjektet ditt. [email protected]

Related Post

Leave A Comment