Articles

PacBio (Sequel II / Sequel / RS II)

Posted by admin

il sequencer di terza generazione con single-molecola long read sequencing

Pacific Biosciences è l’azienda con la commercializzazione di maggior successo del sequenziamento in tempo reale single-molecola. Utilizza la polimerasi non per l’amplificazione dei cluster, ma per la rilevazione della fluorescenza a livello di singola molecola che viene presa come video e quindi convertita in sequenze. Ha la lunghezza di lettura più lunga (media 20kb) tra tutti i sequencer sul mercato al momento, il che offre un vantaggio senza precedenti rispetto ai sequencer di seconda generazione con lunghezze di lettura più corte.

DNA Link è una delle prime aziende commerciali al mondo che ha adottato sequencer PacBio e ha una vasta esperienza in diversi anni.

Sistema sequel: accesso efficiente e conveniente al sequenziamento SMRT

Il nuovo sistema Sequel II si basa sulla nostra comprovata tecnologia SMRT (Single Molecule, Real-Time) e offre circa 8 volte più letture con 8 milioni di guide d’onda in modalità zero (ZMWs) per cella SMRT. Il sistema Sequel è ideale per progetti come la generazione rapida ed economica di assemblaggi de novo di genoma intero di alta qualità e l’analisi del microbioma a tutta lunghezza.

Entrambi Sequel II & Sequel I sono disponibili presso DNA Link

RSII : Il primo sequencer a lunga lettura

Il PacBio RS II ha portato a una ricerca innovativa come la comunità scientifica perseguito l’analisi del genoma di qualità superiore e studiato lo spettro full size della variazione genetica. Con questa tecnologia consolidata, ci sono oltre 2000 pubblicazioni scientifiche in una varietà di aree di ricerca, come la ricerca biomedica umana, la genomica vegetale e animale e la microbiologia.

Il PacBio RS II è ideale per il sequenziamento dell’intero genoma di piccoli genomi, il sequenziamento mirato, l’analisi complessa della popolazione, il sequenziamento dell’RNA di trascritti mirati e l’epigenetica microbica.

Il PacBio RS II è dotato di ottiche ad alte prestazioni, gestione automatizzata dei liquidi, celle e reagenti SMRT proprietari e software di controllo dello strumento intuitivo.

Il PacBio RS II contiene tre punti di accesso utente primario:

  • RS Touch — strumento software con un’interfaccia touchscreen (per l’avvio e il monitoraggio viene eseguito)
  • per Reagenti e campioni cassetto (per la targa e il caricamento del campione)
  • SMRT Cella e punta il cassetto per il caricamento di materiali di consumo)

Applicazioni

PacBio® Singola Molecola, in Tempo Reale (SMRT) Tecnologia di sequenziamento costantemente produce alcuni dei più lunghe media di lettura di lunghezze disponibili nel settore. Con letture lunghe, l’elevata precisione del consenso (>99.999%, Q50), copertura uniforme e rilevamento epigenetico simultaneo: il sequenziamento SMRT offre informazioni preziose che in precedenza non erano disponibili per la comunità scientifica.

SEQUENZIAMENTO DELL’INTERO GENOMA PER L’ASSEMBLAGGIO DE NOVO

Sequenziamento dell’intero genoma per l’assemblaggio de novo l’utilizzo del sequenziamento SMRT è ora il gold-standard per la generazione di genomi di riferimento contigui e altamente
accurati in tutte le specie. Con megabase-size contig N50s, consenso precisioni > 99%, e strumenti per phasing
aplotipi, assemblee PacBio catturare SNP non rilevati, geni completamente intatti, e regioni regolatorie incorporati in strutture complesse che frammentato progetto genomi spesso mancano.

SEQUENZIAMENTO DELL’INTERO GENOMA PER LA VARIANTE STRUTTURALE CHIAMATA

Il sequenziamento SMRT consente la scoperta di varianti strutturali utilizzando il sequenziamento dell’intero genoma a bassa copertura e a lunga lettura che ha dimostrato che ogni singolo genoma umano diploide contiene fino a ~20.000 varianti strutturali uniche (definite come > 50 bp di lunghezza) e altre ~ 400.000 varianti. Oltre l ‘ 80% di queste varianti non viene attualmente rilevato utilizzando metodi standard di sequenziamento a lettura breve.

RNA SEQUENCING

Il metodo PacBio Isoform Sequence (Iso-Seq®) consente il sequenziamento delle isoforme di trascrizione nella loro interezza, senza necessità di assemblaggio sfruttando le lunghe letture per fornire una singola sequenza altamente accurata per ogni isoforma di trascrizione, dall’estremità 5’ alla coda poly-A.

SEQUENZIAMENTO MIRATO

L’applicazione di sequenziamento mirato PacBio supporta sia il sequenziamento di amplicon che la cattura basata su sonda utilizzando l’ibridazione di DNA oligo
. Le letture lunghe e il bias del contesto a bassa sequenza consentono di caratterizzare le regioni di interesse mirate indipendentemente dalla loro complessità genetica, comprese le variazioni strutturali, gli SNP rari, gli indel, la variazione del numero di copie, i microsatelliti e le regioni conservate estese.

POPOLAZIONI COMPLESSE

Batteri, virus e cellule tumorali si trovano spesso in popolazioni complesse che contengono molti genomi unici e in evoluzione. Queste varianti consentono una rapida evoluzione in risposta a condizioni ambientali, pressioni immunitarie o trattamenti farmacologici. Distinguere
le varianti coesistenti possono richiedere un assemblaggio complesso, rendendo estremamente difficile l’identificazione di individui strettamente correlati all’interno di una miscela. Il sequenziamento SMRT fornisce le lunghe letture, la risoluzione a singola molecola e la copertura uniforme necessarie per la caratterizzazione completa di campioni eterogenei e l’identificazione di variazioni complesse.

EPIGENETICA

Il sequenziamento SMRT rileva direttamente le modificazioni del DNA misurando la variazione della cinetica della polimerasi dell’incorporazione della base del DNA
durante il sequenziamento. Con un elevato throughput, lunghe letture e la sensibilità per rilevare la modificazione epigenetica senza amplificazione o conversioni chimiche si è in grado di valutare le modificazioni del DNA nei genomi batterici ed eucariotici.

Vuoi saperne di più? Non esitate a contattarci e saremo lieti di aiutarvi con una strategia personalizzata per il vostro progetto. [email protected]

Related Post

Leave A Comment