Articles

PacBio (Sequel II / Sequel / RS II)

Posted by admin

A harmadik generációs szekvenszer egymolekulás hosszú olvasási szekvenálással

a Pacific Biosciences az a vállalat, amely az egymolekulás valós idejű szekvenálás legsikeresebb forgalmazásával rendelkezik. A polimerázt nem a klaszterek erősítésére használja, hanem a fluoreszcencia kimutatására egy molekulaszinten, amelyet videóként veszünk, majd szekvenciákká alakítunk. Jelenleg a piacon lévő összes szekvenszer közül a leghosszabb olvasási hosszúsággal rendelkezik (átlagosan 20 Kb), ami páratlan előnyt jelent a rövidebb olvasási hosszúságú második generációs szekvenálókkal szemben.

a DNA Link az egyik első kereskedelmi vállalat a világon, amely átvette a PacBio szekvencereket, és több éves tapasztalattal rendelkezik.

Sequel rendszer: nagy áteresztőképességű, költséghatékony hozzáférés az SMRT szekvenáláshoz

az új Sequel II rendszer a bevált Egymolekula, valós idejű (SMRT) technológián alapul, és körülbelül 8x több olvasást biztosít 8 millió nulla módú hullámvezetővel (ZMWs) SMRT cellánként. A Sequel rendszer ideális olyan projektekhez, mint például a kiváló minőségű teljes Genome de novo összeállítások gyors és költséghatékony előállítása és a teljes hosszúságú mikrobiom-elemzés.

mindkét Folytatás II & az I Folytatás elérhető a DNS linken

RSII : A legelső hosszú olvasású szekvenszer

A PacBio RS II úttörő kutatásokhoz vezetett, mivel a tudományos közösség magasabb színvonalú genomelemzést folytatott és tanulmányozta a genetikai variáció teljes spektrumát. Ezzel a bevett technológiával több mint 2000 tudományos publikáció található különféle kutatási területeken, mint például az emberi orvosbiológiai kutatás, a növényi és állati genomika, valamint a mikrobiológia.

a PacBio RS II ideális kis genomok teljes genom szekvenálásához, célzott szekvenáláshoz, komplex populációelemzéshez, célzott transzkripciók RNS szekvenálásához és mikrobiális epigenetikához.

a PacBio RS II nagy teljesítményű optikával, automatizált folyadékkezeléssel, saját SMRT cellákkal és reagensekkel, valamint intuitív műszervezérlő szoftverrel rendelkezik.

a PacBio RS II három elsődleges felhasználói hozzáférési pontot tartalmaz:

  • RS érintőképernyős kezelőfelülettel rendelkező érintőképernyős szoftver (futások kezdeményezéséhez és nyomon követéséhez)
  • reagens és mintafiók (lemez és minta betöltéséhez)
  • SMRT cella és tip fiók (fogyóeszközök betöltéséhez)

Alkalmazások

PacBio Egymolekulájú, valós idejű (SMRT) szekvenálási technológia következetesen az iparágban elérhető leghosszabb átlagos olvasási hosszúságokat állítja elő. Hosszú olvasással a nagy konszenzus pontosság (>99.999%, Q50), egységes lefedettség és egyidejű epigenetikus detektálás-az SMRT szekvenálás értékes betekintést nyújt, amely korábban nem volt elérhető a tudományos közösség számára.

teljes genom szekvenálás DE NOVO összeállításhoz

teljes genom szekvenálás de novo összeállításhoz SMRT szekvenálás alkalmazásával ma már az arany standard összefüggő, nagyon pontos referencia genomok előállítására minden fajban. A megabázis méretű contig N50s, konszenzus pontosság >99%, és eszközök fokozatos
haplotípusok, PacBio szerelvények elfog észrevétlen SNP-k, teljesen ép gének, és szabályozó régiók ágyazott komplex struktúrák fragmentált tervezet genomok gyakran hiányzik.

teljes genom szekvenálás a strukturális variáns hívásához

az SMRT szekvenálás lehetővé teszi a strukturális variánsok felfedezését alacsony lefedettségű, hosszú olvasású teljes genom szekvenálással, amely kimutatta, hogy bármely egyes diploid emberi genom ~20 000 egyedi szerkezeti variánst tartalmaz (definíció szerint >50 bp hosszúságú), és további ~400 000 indel variánst (hossza 1 bp-tól 49 bp-ig terjed). Ezen változatok több mint 80%-át jelenleg nem észlelik szabványos rövid olvasású szekvenálási módszerekkel.

RNS szekvenálás

a PacBio Izoform szekvencia (Iso-Seq) módszer lehetővé teszi a transzkript izoformák teljes szekvenálását, összeszerelés nélkül, a hosszú olvasások kihasználásával, hogy minden transzkript izoformához egyetlen, nagyon pontos szekvenciát szállítson, az 5 ‘ végétől a poli-a farokig.

célzott szekvenálás

a PacBio célzott szekvenálási alkalmazás támogatja mind az amplikon szekvenálást, mind a szonda alapú rögzítést DNS oligo
hibridizációval. A hosszú olvasások és az alacsony szekvenciájú kontextus torzítás lehetővé teszi, hogy jellemezze a célzott régiók érdeklődés függetlenül
a genetikai komplexitás — beleértve a szerkezeti variációk, ritka SNP, indels, másolatszám variáció, microsatellites és kiterjesztett
konzervált régiók.

komplex populációk

baktériumok, vírusok és rákos sejtek gyakran találhatók komplex populációkban, amelyek sok egyedi és fejlődő genomot tartalmaznak. Ezek a
változatok lehetővé teszik a gyors evolúciót a környezeti feltételekre, az immunnyomásra vagy a gyógyszeres kezelésekre adott válaszként. Megkülönböztető
az együtt létező változatok összetett összeszerelést igényelhetnek, ami rendkívül kihívást jelent a keverékben szorosan rokon egyének azonosítása. Az SMRT szekvenálás biztosítja a hosszú olvasást, az egymolekulás felbontást és az egységes lefedettséget, amely a heterogén minták átfogó jellemzéséhez és a komplex variáció azonosításához szükséges.

epigenetika

az SMRT szekvenálás közvetlenül detektálja a DNS-módosításokat a DNS-bázis beépülésének polimeráz kinetikájának variációjának mérésével
a szekvenálás során. Nagy áteresztőképességgel, hosszú olvasással és az epigenetikai módosítás amplifikáció vagy
kémiai konverziók nélküli észlelésének érzékenységével képes felmérni a DNS-módosításokat a bakteriális és eukarióta genomokban.

többet szeretne tudni? Kérjük, bátran lépjen kapcsolatba velünk, és örömmel segítünk Önnek a projekt testreszabott stratégiájában. [email protected]

Related Post

Leave A Comment