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PacBio (Sequel II/Sequel/RS II)

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le séquenceur de troisième génération avec séquençage à lecture longue à molécule unique

Pacific Biosciences est l’entreprise qui a commercialisé le plus de succès le séquençage en temps réel à molécule unique. Il utilise la polymérase non pas pour l’amplification des clusters, mais pour la détection de la fluorescence au niveau d’une seule molécule qui est prise en vidéo puis convertie en séquences. Il a la plus longue longueur de lecture (en moyenne 20 Ko) parmi tous les séquenceurs du marché actuellement, ce qui donne un avantage inégalé par rapport aux séquenceurs de deuxième génération avec des longueurs de lecture plus courtes.

DNA Link est l’une des premières sociétés commerciales au monde à avoir adopté les séquenceurs PacBio et possède une vaste expérience de plusieurs années.

Système Sequel: accès rentable et à haut débit au séquençage SMRT

Le nouveau système Sequel II est basé sur notre technologie éprouvée SMRT (Single Molecule) et fournit environ 8 fois plus de lectures avec 8 millions de guides d’ondes en mode zéro (ZMWS) par cellule SMRT. Le système Sequel est idéal pour des projets tels que la génération rapide et rentable d’assemblages de novo du génome entier de haute qualité et l’analyse complète du microbiome.

Les deux Sequel II &Sequel I sont disponibles sur le lien ADN

RSII : Le tout premier séquenceur à lecture longue

Le PacBio RS II a conduit à des recherches révolutionnaires alors que la communauté scientifique poursuivait une analyse du génome de meilleure qualité et étudiait le spectre complet de la variation génétique. Grâce à cette technologie établie, il existe plus de 2000 publications scientifiques dans divers domaines de recherche, tels que la recherche biomédicale humaine, la génomique végétale et animale et la microbiologie.

Le PacBio RS II est idéal pour le séquençage du génome entier de petits génomes, le séquençage ciblé, l’analyse de populations complexes, le séquençage de l’ARN de transcrits ciblés et l’épigénétique microbienne.

Le PacBio RS II est doté d’optiques hautes performances, d’une manipulation automatisée des liquides, de cellules et de réactifs SMRT exclusifs et d’un logiciel de contrôle intuitif des instruments.

Le PacBio RS II contient trois points d’accès utilisateur principaux:

  • Logiciel d’instrument tactile RS avec interface tactile (pour lancer et surveiller les essais)
  • Tiroir à réactifs et à échantillons (pour le chargement des plaques et des échantillons)
  • Tiroir à cellules et à pointes SMRT (pour le chargement des consommables)

Applications

La technologie de séquençage à molécule unique PacBio® en temps réel (SMRT) produit systématiquement certaines des longueurs de lecture moyennes les plus longues disponibles dans l’industrie. Avec des lectures longues, la précision de consensus élevée (> 99.999%, Q50), une couverture uniforme et une détection épigénétique simultanée – le séquençage SMRT fournit des informations précieuses qui n’étaient auparavant pas disponibles pour la communauté scientifique.

LE SÉQUENÇAGE DU GÉNOME ENTIER POUR l’ASSEMBLAGE DE NOVO

Le séquençage du génome entier pour l’assemblage de novo à l’aide du séquençage SMRT est maintenant l’étalon-or pour générer des génomes de référence contigus et très
précis pour toutes les espèces. Avec des contig N50 de taille mégabase, des précisions de consensus > à 99% et des outils de mise en phase des haplotypes
, les assemblages PacBio capturent des SNP non détectés, des gènes entièrement intacts et des régions régulatrices intégrées dans des structures complexes que les génomes brouillons fragmentés manquent souvent.

SÉQUENÇAGE DU GÉNOME ENTIER POUR L’APPEL DE VARIANTES STRUCTURELLES

Le séquençage SMRT permet la découverte de variantes structurelles en utilisant un séquençage du génome entier à faible couverture et à lecture longue qui a montré que tout génome humain diploïde contient plus de ~ 20 000 variants structurels uniques (définis comme > de 50 pb de longueur), et un autre ~400 000 variants indel (dont la longueur varie de 1 pb à 49 pb) . Plus de 80% de ces variantes ne sont actuellement pas détectées à l’aide de méthodes de séquençage à lecture courte standard.

SÉQUENÇAGE DE L’ARN

La méthode de séquence isoforme PacBio (Iso-Seq®) permet le séquençage des isoformes de transcription dans leur intégralité, sans assemblage requis en exploitant les longues lectures pour fournir une séquence unique et très précise pour chaque isoforme de transcription, de l’extrémité 5’ à la queue poly-A.

SÉQUENÇAGE CIBLÉ

L’application de séquençage ciblé PacBio prend en charge à la fois le séquençage d’amplicon et la capture par sonde en utilisant l’hybridation d’oligo
d’ADN. Les lectures longues et le biais de contexte de séquence faible vous permettent de caractériser des régions d’intérêt ciblées indépendamment de leur complexité génétique — y compris les variations structurelles, les SNP rares, les indels, la variation du nombre de copies, les microsatellites et les régions conservées étendues.

POPULATIONS COMPLEXES

On trouve souvent des bactéries, des virus et des cellules cancéreuses dans des populations complexes qui contiennent de nombreux génomes uniques et évolutifs. Ces
variantes permettent une évolution rapide en réponse aux conditions environnementales, aux pressions immunitaires ou aux traitements médicamenteux. Distinguer les variantes coexistantes peut nécessiter un assemblage complexe, ce qui rend extrêmement difficile l’identification d’individus étroitement liés au sein d’un mélange. Le séquençage SMRT fournit les lectures longues, la résolution d’une molécule unique et la couverture uniforme nécessaires à la caractérisation complète d’échantillons hétérogènes et à l’identification de variations complexes.

ÉPIGÉNÉTIQUE

Le séquençage SMRT détecte directement les modifications de l’ADN en mesurant la variation de la cinétique de la polymérase de l’incorporation de base d’ADN
pendant le séquençage. Avec un débit élevé, de longues lectures et la sensibilité pour détecter les modifications épigénétiques sans amplification ni conversions chimiques, vous êtes en mesure d’évaluer les modifications de l’ADN dans les génomes bactériens et eucaryotes.

Vous voulez en savoir plus ? N’hésitez pas à nous contacter et nous serons heureux de vous aider avec une stratégie personnalisée pour votre projet. [email protected]

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