Articles

PacBio (Sequel II / Sequel / RS II)

Posted by admin

kolmannen sukupolven sekvensseri yksimolekyylisellä pitkälukusekvenssillä

Pacific Biosciences on yhtiö, jolla on menestynein yksimolekyylisen reaaliaikasekvenssin kaupallistaminen. Polymeraasia ei käytetä klustereiden vahvistamiseen, vaan fluoresenssin osoittamiseen yksimolekyylisellä tasolla, joka otetaan videoksi ja muutetaan sitten sekvensseiksi. Se on pisin lukupituus (keskimäärin 20kb) kaikista markkinoilla olevista sekvenssereistä tällä hetkellä, mikä antaa vertaansa vailla olevan edun verrattuna toisen sukupolven sekvenssereihin, joiden lukupituudet ovat lyhyemmät.

DNA Link on yksi maailman ensimmäisistä kaupallisista yrityksistä, joka otti käyttöön PacBio-sekvensserit ja jolla on laaja kokemus useiden vuosien ajalta.

Jatkojärjestelmä: suuritehoinen, kustannustehokas pääsy SMRT-sekvensointiin

Uusi Sequel II-Järjestelmä perustuu todistettuun yksittäiseen molekyyliin, reaaliaikaiseen (Smrt) teknologiaamme ja tuottaa noin 8X enemmän lukemia 8 miljoonalla nollatilan aaltoputkella (ZMWs) SMRT-solua kohti. Sequel-järjestelmä soveltuu erinomaisesti esimerkiksi nopeisiin ja kustannustehokkaisiin projekteihin, kuten korkealaatuisten koko genomin de novo-kokoonpanojen tuottamiseen ja täysimittaiseen mikrobiomianalyysiin.

molemmat jatko-osat II & jatko-osat i löytyvät DNA-linkistä

RSII : Aivan ensimmäinen pitkälukuinen sekvensseri

PacBio RS II johti uraauurtavaan tutkimukseen, kun tiedeyhteisö pyrki laadukkaampaan genomianalyysiin ja tutki geneettisen vaihtelun kokoluokkaa. Tällä vakiintuneella teknologialla on yli 2000 tieteellistä julkaisua eri tutkimusaloilla, kuten ihmisten biolääketieteellisessä tutkimuksessa, kasvien ja eläinten genomiikassa sekä mikrobiologiassa.

PacBio RS II soveltuu erinomaisesti pienten genomien koko genomin sekvensointiin, kohdennettuun sekvensointiin, monimutkaiseen populaatioanalyysiin, kohdennettujen transkriptien RNA-sekvensointiin ja mikrobien epigenetiikkaan.

PacBio RS II: ssa on tehokas optiikka, automatisoitu nesteenkäsittely, omat SMRT-kennot ja reagenssit sekä intuitiivinen instrumenttiohjelma.

PacBio RS II: ssa on kolme ensisijaista käyttöpistettä:

  • RS Touch — instrumenttiohjelmisto kosketusnäytöllisellä liitännällä (aloitus-ja monitorointiajoja varten)
  • reagenssi-ja näytelaatikko (levyjen ja näytteiden lataamista varten)
  • SMRT-kenno-ja kärkilaatikko (kulutustavaroiden lataamista varten)

Sovellukset

PacBio® – Yksimolekyylinen reaaliaikainen (SMRT) Sekvensointitekniikka tuottaa jatkuvasti joitakin alan pisimmistä keskimääräisistä lukupituuksista. Pitkillä lukemilla suuri konsensustarkkuus (>99.999%, Q50), yhtenäinen kattavuus, ja samanaikainen epigeneettinen havaitseminen – SMRT-sekvensointi tuottaa arvokkaita oivalluksia, joita tiedeyhteisö ei ole aiemmin ollut käytettävissä.

koko genomin sekvensointi DE NOVO-kokoonpanoa varten

koko genomin sekvensointi de novo-kokoonpanoa varten SMRT-sekvensointia käyttäen on nyt kultastandardi yhtenäisten, erittäin
tarkkojen referenssigenomien tuottamiseksi kaikille lajeille. Megabase-koon contig N50s: llä konsensustarkkuus >99%, ja työkalut
haplotyyppien asteittaiseen käyttöön, PacBio-kokoonpanot vangitsevat havaitsemattomia SNP: tä, täysin ehjiä geenejä ja monimutkaisiin rakenteisiin sulautuneita säätelyalueita, jotka pirstoutuneet draft-genomit jäävät usein huomaamatta.

koko genomin sekvensointi RAKENNEVARIANTTIA kutsuvalle

SMRT-Sekvensoinnille mahdollistaa rakenteellisen variantin löytämisen käyttäen matalapeitteistä, pitkään luettua koko genomin sekvensointia, joka on osoittanut, että jokainen yksittäinen diploidinen ihmisen genomi sisältää ylöspäin ~20 000 ainutlaatuista rakennevarianttia (määritelty >50 bp pituudeltaan), ja toisen ~400 000 indel-varianttia (joiden pituus vaihtelee 1 bp: stä 49 bp: hen). Yli 80: tä prosenttia näistä muunnoksista ei tällä hetkellä havaita tavanomaisilla lyhytlukusekvenssimenetelmillä.

RNA-sekvensointi

PacBio-Isoformisekvenssi (Iso-Seq®) – menetelmä mahdollistaa transkriptio-isoformien sekvensoinnin kokonaisuudessaan, eikä sitä tarvitse koota käyttämällä pitkiä lukemia, jotta kullekin transkriptio-isoformille saadaan yksi erittäin tarkka sekvenssi 5′ – päästä poly-a-pyrstöön.

TARGETED SEQUENCING

PacBio targeted sequencing application tukee sekä amplikonin sekvensointia että koettimeen perustuvaa sieppausta DNA-oligon
hybridisaation avulla. Pitkät lukemat ja matalan sekvenssin kontekstiharha mahdollistavat kohdealueiden luonnehtimisen riippumatta
niiden geneettisestä monimutkaisuudesta — mukaan lukien rakenteelliset vaihtelut, harvinaiset SNP: t, indelit, kopioluvun vaihtelu, mikrosatelliitit ja laajennetut
säilyneet alueet.

KOMPLEKSIPOPULAATIOT

bakteereita, viruksia ja syöpäsoluja esiintyy usein kompleksipopulaatioissa, jotka sisältävät monia ainutlaatuisia ja kehittyviä genomeja. Nämä
– muunnokset mahdollistavat nopean evoluution vastauksena ympäristöolosuhteisiin, immuunipaineisiin tai lääkehoitoihin.
rinnakkaisvarianttien erottaminen voi vaatia monimutkaista kokoamista, jolloin lähisukulaisten tunnistaminen seoksessa on erittäin haastavaa. SMRT-sekvensoinnilla saadaan pitkä lukema, yksimolekyylinen resoluutio ja yhtenäinen kattavuus, jota tarvitaan
heterogeenisten näytteiden kattavaan karakterisointiin ja kompleksisen variaation tunnistamiseen.

epigenetiikka

SMRT-sekvensointi tunnistaa suoraan DNA-modifikaatiot mittaamalla DNA-emästen inkorporaation polymeraasikinetiikan vaihtelua
sekvensoinnin aikana. Suurella läpimenokyvyllä, pitkillä lukemilla ja herkkyydellä havaita epigeneettistä modifikaatiota ilman vahvistusta tai
kemiallista konversiota pystyy arvioimaan DNA-modifikaatioita bakteerien ja eukaryoottien genomeissa.

Haluatko tietää lisää? Ota rohkeasti yhteyttä meihin ja autamme mielellämme sinua räätälöidyssä strategiassa projektiasi varten. [email protected]

Related Post

Leave A Comment