Articles

PacBio (Sequel II / Sequel / RS II)

Posted by admin

el secuenciador de tercera generación con secuenciación de lectura larga de una sola molécula

Pacific Biosciences es la empresa con la comercialización más exitosa de la secuenciación en tiempo real de una sola molécula. Utiliza la polimerasa no para amplificación de clústeres, sino para la detección de fluorescencia a un nivel de molécula única que se toma como video y luego se convierte en secuencias. Tiene la longitud de lectura más larga (un promedio de 20 kb) entre todos los secuenciadores en el mercado en este momento, lo que le da una ventaja sin igual sobre los secuenciadores de segunda generación con longitudes de lectura más cortas.

DNA Link es una de las primeras empresas comerciales del mundo que adoptó secuenciadores PacBio y tiene una amplia experiencia a lo largo de varios años.

Sistema de secuela: acceso rentable y de alto rendimiento a la secuenciación SMRT

El nuevo sistema Sequel II se basa en nuestra tecnología probada de molécula Única en Tiempo Real (SMRT) y ofrece unas 8 veces más lecturas con 8 millones de guías de onda de modo cero (ZMW) por celda SMRT. El sistema Sequel es ideal para proyectos como la generación rápida y rentable de ensamblajes de novo de genoma completo de alta calidad y análisis de microbioma de larga duración.

Ambas Secuela II & La secuela I está disponible en DNA Link

RSII : El primer secuenciador de larga lectura

El PacBio RS II llevó a una investigación innovadora, ya que la comunidad científica persiguió un análisis genómico de mayor calidad y estudió el espectro de tamaño completo de la variación genética. Con esta tecnología establecida, hay más de 2000 publicaciones científicas en una variedad de áreas de investigación, como la investigación biomédica humana, la genómica de plantas y animales y la microbiología.

El PacBio RS II es ideal para la secuenciación de genoma completo de genomas pequeños, secuenciación dirigida, análisis de poblaciones complejas, secuenciación de ARN de transcripciones dirigidas y epigenética microbiana.

El PacBio RS II cuenta con óptica de alto rendimiento, manejo automatizado de líquidos, células y reactivos SMRT patentados y software de control de instrumentos intuitivo.

El PacBio RS II contiene tres puntos de acceso de usuario principales:

  • Software de instrumentos táctiles RS con interfaz de pantalla táctil (para iniciar y monitorear tiradas)
  • Cajón de reactivos y muestras (para carga de placas y muestras)
  • Cajón de celdas y puntas SMRT (para carga de consumibles)

Aplicaciones

La tecnología de secuenciación de molécula única en tiempo real (SMRT) PacBio® produce de forma consistente algunas de las longitudes de lectura promedio más largas disponibles en la industria. Con lecturas largas, la precisión de alto consenso (> 99.999%, Q50), cobertura uniforme y detección epigenética simultánea: la secuenciación de SMRT ofrece información valiosa que antes no estaba disponible para la comunidad científica.

LA SECUENCIACIÓN DEL GENOMA COMPLETO PARA EL ENSAMBLAJE DE NOVO

La secuenciación del genoma completo para el ensamblaje de novo utilizando la secuenciación SMRT es ahora el estándar de oro para generar genomas de referencia contiguos y altamente precisos en todas las especies. Con contig N50s de tamaño megabase, precisiones de consenso >99% y herramientas para haplotipos de fases
, los ensamblajes de PacBio capturan SNP no detectados, genes completamente intactos y regiones reguladoras incrustadas en estructuras complejas que a menudo se pierden en los genomas de borrador fragmentados.

SECUENCIACIÓN DE GENOMA COMPLETO PARA LLAMADAS DE VARIANTES ESTRUCTURALES

La secuenciación SMRT permite el descubrimiento de variantes estructurales utilizando una secuenciación de genoma completo de baja cobertura y larga lectura que ha demostrado que cualquier genoma humano diploide individual contiene más de ~20,000 variantes estructurales únicas (definidas como >50 pb de longitud), y otras ~400,000 variantes indel (que varían en longitud de 1 pb a 49 pb). Más del 80% de estas variantes no se detectan actualmente utilizando métodos de secuenciación de lectura corta estándar.

SECUENCIACIÓN DE ARN

El método de Secuencia de Isoformas PacBio (Iso-Seq®) permite la secuenciación de isoformas de transcripción en su totalidad, sin necesidad de ensamblaje, aprovechando las lecturas largas para ofrecer una secuencia única y altamente precisa para cada isoforma de transcripción, desde el extremo 5′ hasta la cola poli-A.

SECUENCIACIÓN DIRIGIDA

La aplicación de secuenciación dirigida PacBio admite tanto la secuenciación de amplicones como la captura basada en sonda mediante hibridación de oligoelementos de ADN. Las lecturas largas y el sesgo de contexto de secuencia baja le permiten caracterizar regiones específicas de interés independientemente de su complejidad genética, incluidas variaciones estructurales, SNP raros, indel, variación del número de copias, microsatélites y regiones conservadas extendidas.

POBLACIONES COMPLEJAS

Las bacterias, los virus y las células cancerosas a menudo se encuentran en poblaciones complejas que contienen muchos genomas únicos y en evolución. Estas variantes permiten una rápida evolución en respuesta a condiciones ambientales, presiones inmunitarias o tratamientos farmacológicos. Distinguir las variantes coexistentes puede requerir un ensamblaje complejo, lo que hace que la identificación de individuos estrechamente relacionados dentro de una mezcla sea extremadamente desafiante. La secuenciación de SMRT proporciona las lecturas largas, la resolución de una sola molécula y la cobertura uniforme necesarias para la caracterización integral de muestras heterogéneas e identificación de variaciones complejas.

EPIGENÉTICA

La secuenciación SMRT detecta directamente las modificaciones del ADN midiendo la variación en la cinética de la polimerasa de incorporación de bases de ADN
durante la secuenciación. Con un alto rendimiento, lecturas largas y la sensibilidad para detectar modificaciones epigenéticas sin amplificación ni conversiones químicas, puede evaluar las modificaciones de ADN en genomas bacterianos y eucarióticos.

¿Quieres saber más? No dude en ponerse en contacto con nosotros y estaremos encantados de ayudarle con una estrategia personalizada para su proyecto. [email protected]

Related Post

Leave A Comment