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PacBio (Sequel II / Sequel / RS II)

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der Sequenzer der dritten Generation mit Einzelmolekül-Long-Read-Sequenzierung

Pacific Biosciences ist das Unternehmen mit der erfolgreichsten Kommerzialisierung der Einzelmolekül-Echtzeitsequenzierung. Es verwendet Polymerase nicht zur Amplifikation von Clustern, sondern zum Nachweis von Fluoreszenz auf Einzelmolekülebene, die als Video aufgenommen und dann in Sequenzen umgewandelt wird. Es hat die längste Leselänge (durchschnittlich 20 KB) unter allen Sequenzern auf dem Markt, was einen beispiellosen Vorteil gegenüber den Sequenzern der zweiten Generation mit kürzeren Leselängen bietet.

DNA Link ist eines der ersten kommerziellen Unternehmen der Welt, das PacBio-Sequenzer eingesetzt hat, und verfügt über umfangreiche Erfahrung über mehrere Jahre.

Sequel-System: hochdurchsatzfähiger, kostengünstiger Zugang zur SMRT-Sequenzierung

Das neue Sequel II-System basiert auf unserer bewährten Single Molecule, Real-Time (SMRT) -Technologie und liefert mit 8 Millionen Zero-Mode Waveguides (ZMWs) pro SMRT-Zelle etwa 8X mehr Lesevorgänge. Das Sequel-System ist ideal für Projekte wie die schnelle und kostengünstige Erzeugung hochwertiger De-Novo-Assemblierungen des gesamten Genoms und die Mikrobiomanalyse in voller Länge.

Beide Sequel II & Sequel I sind verfügbar unter DNA Link

RSII : Der allererste Long-Read-Sequenzer

Der PacBio RS II führte zu bahnbrechenden Forschungen, da die wissenschaftliche Gemeinschaft eine qualitativ hochwertigere Genomanalyse verfolgte und das gesamte Spektrum der genetischen Variation untersuchte. Mit dieser etablierten Technologie gibt es über 2000 wissenschaftliche Publikationen in einer Vielzahl von Forschungsbereichen, wie der humanbiomedizinischen Forschung, der Pflanzen- und Tiergenomik und der Mikrobiologie.

Der PacBio RS II eignet sich ideal für die Ganzgenomsequenzierung kleiner Genome, die gezielte Sequenzierung, die komplexe Populationsanalyse, die RNA-Sequenzierung gezielter Transkripte und die mikrobielle Epigenetik.

Der PacBio RS II verfügt über Hochleistungsoptiken, automatisiertes Liquid Handling, proprietäre SMRT-Zellen und Reagenzien sowie eine intuitive Instrumentensteuerungssoftware.

Der PacBio RS II enthält drei primäre Benutzerzugangspunkte:

  • RS Touch – Instrumentensoftware mit Touchscreen-Schnittstelle (zum Starten und Überwachen von Durchläufen)
  • Reagenz- und Probenschublade (zum Laden von Platten und Proben)
  • SMRT-Zelle und Tip-Schublade (zum Laden von Verbrauchsmaterialien)

Anwendungen

Die PacBio® Single Molecule, Real-Time (SMRT) Sequencing-Technologie liefert durchweg einige der längsten durchschnittlichen Leselängen, die in der Branche verfügbar sind. Bei langen Lesevorgängen ist die hohe Konsensgenauigkeit (>99.999%, Q50), gleichmäßige Abdeckung und gleichzeitige epigenetische Detektion – Die SMRT-Sequenzierung liefert wertvolle Erkenntnisse, die der wissenschaftlichen Gemeinschaft bisher nicht zur Verfügung standen.

SEQUENZIERUNG DES GESAMTEN GENOMS FÜR DE NOVO ASSEMBLY

Die Sequenzierung des gesamten Genoms für de novo Assembly mithilfe der SMRT-Sequenzierung ist jetzt der Goldstandard für die Erzeugung zusammenhängender, hochpräziser Referenzgenome für alle Arten. Mit megabase-größe contig N50s, konsens genauigkeiten > 99%, und werkzeuge für phasing
haplotypen, PacBio baugruppen erfassen unentdeckt SNPs, vollständig intakte gene, und regulatorischen regionen eingebettet in komplexe strukturen, die fragmentierte entwurf genome oft verpassen.

WHOLE GENOME SEQUENCING FOR STRUCTURAL VARIANT DISCOVERY

SMRT Sequencing enables structural variant discovery using low-coverage, long-read whole genome sequencing which has showed that any individual diploid human genome contains upwards of ~20,000 unique structural variants (defined as >50 bp in length), and another ~400,000 indel variants (ranging in length from 1 bp to 49 bp). Über 80% dieser Varianten werden derzeit nicht mit Standard-Short-Read-Sequenzierungsmethoden erkannt.

RNA-SEQUENZIERUNG

Die PacBio-Isoformsequenz (Iso-Seq®) -Methode ermöglicht die Sequenzierung von Transkript-Isoformen in ihrer Gesamtheit, ohne dass eine Montage erforderlich ist, indem die langen Lesevorgänge genutzt werden, um eine einzelne, hochgenaue Sequenz für jede Transkript-Isoform vom 5′-Ende bis zum Poly-A-Schwanz zu liefern.

TARGETED SEQUENCING

PacBio Targeted Sequencing-Anwendung unterstützt sowohl Amplikonsequenzierung als auch sondenbasierte Erfassung mit DNA oligo
Hybridisierung. Die langen Lesevorgänge und der geringe Sequenzkontextverzerrung ermöglichen es Ihnen, Zielregionen von Interesse unabhängig von ihrer genetischen Komplexität zu charakterisieren – einschließlich struktureller Variationen, seltener SNPs, Indels, Kopienzahlvariation, Mikrosatelliten und erweiterter
konservierter Regionen.

KOMPLEXE POPULATIONEN

Bakterien, Viren und Krebszellen werden häufig in komplexen Populationen gefunden, die viele einzigartige und sich entwickelnde Genome enthalten. Diese Varianten ermöglichen eine schnelle Evolution als Reaktion auf Umweltbedingungen, Immundruck oder medikamentöse Behandlungen. Die Unterscheidung koexistierender Varianten kann einen komplexen Zusammenbau erfordern, was die Identifizierung eng verwandter Individuen innerhalb einer Mischung äußerst schwierig macht. Die SMRT-Sequenzierung bietet die langen Lesevorgänge, die Auflösung einzelner Moleküle und die einheitliche Abdeckung, die für die umfassende Charakterisierung heterogener Proben und die Identifizierung komplexer Variationen erforderlich sind.

EPIGENETIK

Die SMRT-Sequenzierung detektiert DNA-Modifikationen direkt durch Messung der Variation der Polymerasekinetik des DNA-Baseneinbaus
während der Sequenzierung. Mit hohem Durchsatz, langen Lesevorgängen und der Empfindlichkeit, epigenetische Modifikationen ohne Amplifikation oder
chemische Umwandlungen nachzuweisen, können Sie DNA-Modifikationen in bakteriellen und eukaryotischen Genomen beurteilen.

Möchten Sie mehr wissen? Sprechen Sie uns an und wir helfen Ihnen gerne mit einer maßgeschneiderten Strategie für Ihr Projekt. [email protected]

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