Articles

PacBio (efterfølger II / efterfølger / RS II)

Posted by admin

tredje generations sekventering med enkeltmolekyle langlæst sekventering

Pacific Biosciences er virksomheden med den mest succesrige kommercialisering af single-molecule real-time sekventering. Det bruger polymerase ikke til amplifikation af klynger, men til påvisning af fluorescens på et enkeltmolekyleniveau, der tages som video og derefter omdannes til sekvenser. Den har den længste læselængde (i gennemsnit 20 KB) blandt alle sekvenser på markedet i øjeblikket, hvilket giver en enestående fordel i forhold til anden generationens sekvenser med kortere læselængder.

DNA Link er en af de første kommercielle virksomheder i verden, der vedtog PacBio-sekvensere og har lang erfaring gennem flere år.

efterfølger System: high-throughput, omkostningseffektiv adgang til SMRT-sekventering

det nye efterfølger II-System er baseret på vores gennemprøvede single Molecule, real-Time (SMRT) teknologi og leverer omkring 8 gange flere læsninger med 8 millioner Nul-mode bølgeledere pr SMRT celle. Efterfølgersystemet er ideelt til projekter som hurtigt og omkostningseffektivt generering af hele genom de novo-samlinger af høj kvalitet og mikrobiomanalyse i fuld længde.

begge efterfølger II & efterfølger i er tilgængelige på DNA Link

RSII : Den allerførste langlæste sekvensator

PacBio RS II førte til banebrydende forskning, da det videnskabelige samfund forfulgte genomanalyse af højere kvalitet og studerede det fulde størrelsesspektrum af genetisk variation. Med denne etablerede teknologi er der over 2000 videnskabelige publikationer inden for en række forskningsområder, såsom human biomedicinsk forskning, plante-og dyregenomik og mikrobiologi.PacBio RS II er ideel til helgenomsekventering af små genomer, målrettet sekventering, kompleks populationsanalyse, RNA-sekventering af målrettede transkripter og mikrobiel epigenetik.PacBio RS II er udstyret med højtydende optik, automatiseret væskehåndtering, proprietære SMRT-celler og reagenser og intuitivt instrumentstyringsprogram.PacBio RS II indeholder tre primære brugeradgangspunkter:

  • RS Touch — instrument med en touchscreen-grænseflade (til initiering og overvågning af kørsler)
  • reagens-og prøveskuffe (til plade-og prøveindlæsning)
  • SMRT-celle-og tipskuffe (til indlæsning af forbrugsstoffer)

applikationer

PacBio Kris Single Molecule, Real-Time (SMRT) sekventeringsteknologi producerer konsekvent nogle af de længste gennemsnitlige læselængder, der er tilgængelige i branchen. Med lange læsninger er den høje konsensusnøjagtighed (>99.999%, 50. kvartal), ensartet dækning og samtidig epigenetisk detektion – SMRT-sekventering leverer værdifuld indsigt, der tidligere ikke har været tilgængelig for det videnskabelige samfund.

HELGENOMSEKVENTERING til de NOVO-samling

Helgenomsekventering til de novo-samling ved hjælp af SMRT-sekventering er nu guldstandarden til generering af sammenhængende, meget
nøjagtige referencegenomer på tværs af alle arter. Med megabase-størrelse contig N50s, konsensusnøjagtigheder >99% og værktøjer til udfasning
haplotyper fanger PacBio-samlinger uopdagede SNP ‘ er, fuldt intakte gener og regulatoriske regioner indlejret i komplekse strukturer, som fragmenterede udkast til genomer ofte savner.

HELGENOMSEKVENTERING til strukturel VARIANTOPKALD

SMRT-sekventering muliggør opdagelse af strukturel variant ved hjælp af lav-dækning, langlæst helgenomsekventering, som har vist, at ethvert individuelt diploid humant genom indeholder op mod ~20.000 unikke strukturelle varianter (defineret som > 50 bp i længden) og yderligere ~400.000 Indel-varianter (i længde fra 1 bp til 49 bp). Over 80% af disse varianter registreres i øjeblikket ikke ved hjælp af standard kortlæste sekventeringsmetoder.

RNA-sekventering

PacBio-Isoformsekvensen (ISO-sek.) – metoden tillader sekventering af transkript-isoformer i deres helhed uden nogen samling Krævet ved at udnytte de lange læsninger til at levere en enkelt, meget nøjagtig sekvens for hver transkript-isoform, fra 5′ – enden til poly-A-halen.

målrettet sekventering

PacBio målrettet sekventering program understøtter både amplicon sekventering samt probe-baseret capture ved hjælp af DNA oligo
hybridisering. Den lange læser og den lave sekvens kontekst bias giver dig mulighed for at karakterisere målrettede regioner af interesse uanset
af deres genetiske kompleksitet — herunder strukturelle variationer, sjældne SNP ‘ er, indels, kopi nummer variation, mikrosatellitter og udvidede
konserverede regioner.

komplekse populationer

bakterier, vira og kræftceller findes ofte i komplekse populationer, der indeholder mange unikke og udviklende genomer. Disse
varianter giver mulighed for hurtig udvikling som reaktion på miljøforhold, immuntryk eller lægemiddelbehandlinger. Distinguishing
co-eksisterende varianter kan kræve kompleks samling, hvilket gør identifikationen af nært beslægtede individer i en blanding ekstremt udfordrende. SMRT-sekventering giver den lange læsning, enkeltmolekylopløsning og ensartet dækning, der er nødvendig for
omfattende karakterisering af heterogene prøver og identifikation af kompleks variation.

epigenetik

SMRT-sekventering registrerer direkte DNA-modifikationer ved at måle variation i polymerasekinetikken af DNA-baseindarbejdelse
under sekventering. Med høj gennemstrømning, lange læsninger og følsomheden til at detektere epigenetisk modifikation uden amplifikation eller
kemiske konverteringer er du i stand til at vurdere DNA-modifikationer i bakterielle og eukaryote genomer.

vil du vide mere? Du er velkommen til at kontakte os, så hjælper vi dig gerne med en tilpasset strategi til dit projekt. [email protected]

Related Post

Leave A Comment