Articles

PacBio (Pokračování II / Pokračování / RS II)

Posted by admin

Třetí generace sekvenceru s single-molecule dlouho číst sekvenování

Pacific Biosciences je společnost s nejvíce úspěšné komercializaci single-molecule real-time sequencing. Používá polymerázu ne pro amplifikaci shluků, ale pro detekci fluorescence na úrovni jedné molekuly, která je vzata jako video a poté převedena na sekvence. To má nejdelší číst délka (v průměru 20kb) mezi všemi sekvencery na trhu v okamžiku, který dává jedinečnou výhodu oproti druhé generaci sekvencery s kratší číst délek.

DNA Link je jednou z prvních komerčních společností na světě, která přijala sekvencery PacBio a má rozsáhlé zkušenosti v průběhu několika let.

Sequel System: high-výkon, nákladově efektivní přístup na SMRT Sekvenování

nové Pokračování II Systém je založen na naší osvědčené jedné Molekuly, Real-Time (SMRT) technologie a poskytuje asi 8X více čte s 8 milionů nula-režim vlnovody (ZMWs) za SMRT Buněk. Systém Sequel je ideální pro projekty, jako je rychlé a nákladově efektivní generování vysoce kvalitních sestav celého genomu de novo a celovečerní mikrobiomová analýza.

obě Sequel II & Sequel I jsou k dispozici na DNA Link

RSII : První dlouho-přečtěte si sekvencer

PacBio RS II vedlo k průkopnický výzkum jako vědecká komunita sleduje vyšší kvalitu analýzy genomu a studoval v plné velikosti-spektra genetické variability. S touto zavedenou technologii, existuje více než 2000 vědeckých publikací v různých oblastech výzkumu, jako jsou lidská biomedicínský výzkum, rostlinné a živočišné genetiky a mikrobiologie.

PacBio RS II je ideální pro sekvenování malých genomů celým genomem, cílené sekvenování, komplexní populační analýzu, RNA sekvenování cílených transkriptů a mikrobiální epigenetiku.

PacBio RS II nabízí vysoký výkon optika, automated liquid handling, vlastnických SMRT Buněk a činidla, a intuitivní ovládání přístroje software.

PacBio RS II obsahuje tři primární uživatelské přístupové body:

  • Touch RS — softwaru přístroje s dotykovým displejem rozhraní (pro zahájení a sledování běží)
  • Činidla a vzorku zásuvky (pro desky a nanesení vzorku)
  • SMRT Buňky a tip zásuvka (pro spotřební materiál zatížení)

Aplikace

PacBio® Single Molecule Real-Time (SMRT) Technologie sekvenování důsledně produkuje některé z nejdelší průměrná číst délkách k dispozici v průmyslu. Při dlouhém čtení je vysoká konsensuální přesnost (> 99.999%, Q50), rovnoměrné pokrytí a simultánní epigenetická detekce-SMRT sekvenování přináší cenné poznatky, které dříve nebyly vědecké komunitě k dispozici.

SEKVENOVÁNÍ CELÉHO GENOMU PRO DE NOVO ASSEMBLY

sekvenování Celého genomu pro de novo assembly pomocí SMRT Sekvenování je nyní zlatý standard pro vytváření souvislých, vysoce
přesné referenční genomy všech druhů. S megabase-velikost contig N50s, konsensus přesnost >99%, a nástroje pro fázování
haplotypy, PacBio sestavy zachytit nepozorovaně Snp, zcela neporušené genů a regulačních oblastí vložené do složitých struktur, které roztříštěné návrh genomy často chybí.

SEKVENOVÁNÍ CELÉHO GENOMU PRO STRUKTURÁLNÍ VARIANTA VOLÁNÍ

SMRT Sekvenování umožňuje strukturální varianta objev pomocí low-pokrytí, dlouho-číst sekvenování celého genomu, který ukázal, že každý jednotlivec diploidní lidský genom obsahuje více ~20.000 unikátních konstrukčních variant (definován jako >50 bp na délku), a další ~400,000 indel variant (v rozmezí v délce od 1 bp 49 bp). Více než 80% těchto variant není v současné době detekováno pomocí standardních metod sekvenování s krátkým čtením.

RNA SEKVENOVÁNÍ

PacBio Izoformy Sekvence (Iso-Seq®) metoda umožňuje sekvenování přepis izoforem v celém jejich rozsahu, bez montáže požadované využití dlouho čte dodat jediné, vysoce přesné sekvence pro každý přepis izoformy, od 5′ konce na poly-A tail.

CÍLENÉ SEKVENOVÁNÍ

PacBio cílené sekvenování aplikace podporuje jak amplikonu sekvenování, stejně jako sonda na bázi zachytit pomocí oligo DNA
hybridizace. Dlouho čte a nízké pořadí souvislosti bias umožňuje charakterizovat vybrané regiony zájmu, bez ohledu
své genetické komplexnosti — včetně strukturálních změn, vzácné Snp, indels, zkopírujte počet variací, mikrosatelitů a prodloužena
konzervovaným regionům.

komplexní populace

bakterie, viry a rakovinné buňky se často vyskytují v komplexních populacích, které obsahují mnoho jedinečných a vyvíjejících se genomů. Tyto
varianty umožňují rychlý vývoj v reakci na podmínky prostředí, imunitní tlaky nebo léčbu drogami. Rozlišování
koexistujících variant může vyžadovat komplexní sestavení, takže identifikace blízce příbuzných jedinců v rámci směsi je extrémně náročná. SMRT sekvenování poskytuje dlouhé čtení, rozlišení s jednou molekulou a jednotné pokrytí potřebné pro komplexní charakterizaci heterogenních vzorků a identifikaci komplexní variace.

epigenetika

SMRT sekvenování přímo detekuje modifikace DNA měřením variací v kinetice polymerázy inkorporace DNA báze
během sekvenování. S vysokou kapacitou, dlouhou čte, a citlivost pro detekci epigenetické modifikace bez zesílení nebo
chemická konverze jsou schopni posoudit změny DNA v bakteriálních a eukaryotických genomů.

Chcete se dozvědět více? Neváhejte nás kontaktovat a my vám rádi pomůžeme s přizpůsobenou strategií pro váš projekt. [email protected]

Related Post